Но к тому времени, когда Арминий умер, теологический ландшафт снова изменился, и антикальвинистская теология Арминия быстро распространилась по всей Европе.

Иренический реформатор

Арминий начал подвергать сомнению кальвинизм (особенно его взгляды на благодать и предопределение) в начале 20-х годов, но вместо того, чтобы бороться за свои взгляды в Женевской академии, где он учился у преемника Кальвина Теодора Безы, он тихо ушёл. Когда власти Женевы разгневались на защиту Арминия французским гуманистом Питером Рамусом, Арминий уехал в Базель. Там ему предложили докторскую степень, но он отказался на том основании, что его молодость (ему было всего 24 или 25 лет) принесёт позор титулу.

Именно его изучение Послания к Римлянам в качестве амстердамского служителя решительно настроило Якова Арминия против кальвинизма. Вера, по его мнению, была причиной избрания: "Это вечный и милостивый указ Бога во Христе, которым Он решает оправдать и принять верующих и наделить их вечной жизнью, но осудить неверующих и нераскаявшихся людей".

Хотя его обвиняли в пелагианстве (чрезмерный акцент на свободе воли) и других ересях, его критики не привели никаких доказательств этих обвинений.

"Тот учитель получает моё высочайшее одобрение, кто приписывает как можно больше божественной благодати”, - заверил он их, “при условии, что он так отстаивает дело благодати, чтобы не нанести ущерба справедливости Бога и не отнять свободную волю у того, что является злом".

1545	Начинается Совет Трента
1549	Ксавьер начинает миссию в Японию
1555	Латимера и Ридли сожгли на костре
1559	Якоб Арминий родился
1609	Иаков Арминий умирает
1620	Разработано Мэйфлауэрское соглашение

В 1606 году, будучи профессором теологии в Лейдене, Арминий выступил с речью под названием "О примирении религиозных разногласий между христианами":

“Религиозные разногласия - худший вид разногласий”, - писал он, “потому что они поражают сам алтарь. Она охватывает всех; каждый должен принять чью-то сторону или же сделать из себя третью сторону”.

Тем не менее, его по-прежнему беспокоил детерминизм кальвинизма, и он призвал к созданию национального синода для разрешения конфликтов и критического рассмотрения двух важнейших кальвинистских документов: Бельгийского исповедания и Гейдельбергского катехизиса. Синод наконец собрался, но не раньше, чем через девять лет после смерти Арминия (в добрых отношениях с Голландской Реформатской церковью) и через восемь лет после того, как был издан Протест, в котором были разработаны и сформулированы ключевые темы того, что сегодня называется арминианским богословием: Христос умер за всех (а не только за избранных), и люди могут сопротивляться благодати и даже потерять спасение. С тех пор арминианство оказало влияние на ключевые фигуры в истории церкви, такие как Джон Уэсли, основателя методизма.